Olomoucký Krtek 2.0 razí cestu molekulárním světem

Týmu olomouckých a brněnských fyzikálních chemiků se podařilo vyvinout ojedinělý počítačový program, který umožňuje simulaci biomolekulárních procesů.

Program je zaměřen na analýzu molekulárních kanálů uvnitř proteinů, které patří ke stavebním kamenům buňky. Nedávno byl nástroj s názvem MOLE 2.0 umístěn na prestižním serveru PDBsum, který administruje Evropský bioinformatický institut ve Velké Británii.

„Molekulární kanály uvnitř proteinů jsou vlastně cestami, kterými prochází dovnitř nebo ven určitá nízkomolekulární látka. Může to být látka biologicky škodlivá, které se tělo zbavuje, ale může jít také o léčivo, které se musí dostat dovnitř. A právě tyto cesty, nazývané kanály či tunely, náš program pomáhá identifikovat, vysvětlil Karel Berka z olomoucké katedry fyzikální chemie. Tunely například spojují katalytická místa enzymů s okolím. „Mohou spoluurčovat, které substráty enzym přemění, a které ne,“ upřesnil vedoucí katedry profesor Michal Otyepka.

Podle jejich informací má vyvíjený systém velmi dobré jméno mezi vědci, kteří se strukturní bioinformatice ve světě věnují. Od července, kdy autorský tým uvolnil nové webové rozhraní MOLEonline a jeho funkčnost popsal v prestižním časopise Nucleic Acids Research, byly zaznamenány vstupy z více než padesáti států světa. „Pomocí našeho programu už vědci provedli téměř tři tisíce výpočtů,“ dokreslil zájem o nový software Karel Berka.

Analýze kanálů uvnitř molekulárních struktur a biomolekul se tým pod vedením profesora Michala Otyepky věnuje už více než pět let. Program MOLE neboli KRTEK 2.0 je nejnovější verzí metodiky, kterou olomoučtí odborníci z pracovišť katedry fyzikální chemie a Regionálního centra moderních technologií a nanomateriálů vyvíjejí ve spolupráci s kolegy z brněnského Národního centra pro výzkum biomolekul.